Al querer obtener el CAE, puede ser que la fecha halla caducado (esto quiere decir que haya pasado mucho tiempo) por eso no le permitirá obtener CAE de los que desea. Esto sucede porque la AFIP solo permite obtener CAE hasta 10 días posterior a la fecha de emisión.

Al no dejarte obtener CAE de esos comprobantes, los mas reciente no permitirá porque perdería la correlatividad.

A continuación se muestra un ejemplo del error que salta al querer obtener  CAE con fechas vencidas:

Lo que se  debe hacer es entrar a la opción de obtención de CAE y allí existe un botón que se llama "Corregir DATOS" al presionarlo deberá indicar el tipo, letra y numero de comprobante que desea corregir los datos y luego aparecerá para modificar la fecha de emisión, allí debería poder asignar una fecha mas reciente. Recordar que dentro de los 10 días desde el día que se obtiene. Para que así pueda tomar CAE. 

se debería corregir la fecha de los comprobantes y luego tendría que poder obtener CAE  sin problemas.